ایده اولیه تاسیس بنیاد خیریه موج مهربانی توسط مهرداد الطافی و فاطمه افروشه (بنیان‌گذاران موج مهربانی) با آگاهی از مشکلات کودکان ، دانش آموزان ، فضای های آموزشی و مدارس مناطق محروم روستایی به واسطه حضورشان در مناطق محروم روستایی و گروه های جهادی صورت گرفت. از همان ابتدا با گردهم آمدن گروهی از جوانان داوطلب ، خیران داوطلب فعالیت موج مهربانی در مدارس مناطق محروم و شهر جهرم در استان فارس انجام می‌گرفت. همزمان با فعالیت‌های مددکاری و توانمند سازی دانش آموزان مقدمات ثبت موج مهربانی از سال 1390 آغاز شد. بنیانگذاران اولیه براین باور بودند که یک موسسه نمی‌تواند تنها با اتکا به شخص و یا گروه محدودی از یاواران این راه را طی کند بنابراین در سال 1393 موج مهربانی به ثبت رسید تا از امکانات خیرخواهانه گروه وسیع‌تری برای حمایت همه جانبه از کودکان و دانش آموزان مناطق محروم کشور بهره گیرد و دامنه حمایت های خود را در سطح کشور ایران عزیز گسترش دهد.

نام موج مهربانی برگرفته از نوع فعالیت این موسسه می‌باشد (که نشان از موج مهبت در مدارس محروم کشور می باشد) و لوگوی موج مهربانی طرح دست و سقف مدرسه است که نماد زندگی و کمک است و برروی آن پرنده که نماد صلح و دوستی است امیدوارانه ایستاده‌اند.

موج مهربانی از همان ابتدا با جلب کمک‌های مردمی و نیت خیرخواهانه مردم و فعالیت‌های داوطلبانه اداره می‌گردد. برگزاری بازارها، توزیع قلک و عضویت درجمع یاوران موج مهربانی از روش‌های جلب کمک‌های مردمی در موج مهربانی بوده است. بنیاد خیریه موج مهربانی توانست با بهره‌گیری از اعتماد و حمایت‌های آحاد مردم و سخت کوشی اعضاء داوطلب تعداد قابل توجهی را تحت تاثیر قرار دهد.

موج مهربانی همواره با هدف حفظ منزلت انسانی کودکان و دانش آموزان و خانواده‌ها در تلاش است که آنان شادمانه و امیدوارانه مراحل تحصیل را طی کنند.